I Rogaland fylkeskommune er det Møllehagen skolesenter som ivaretar plikten fylkeskommunen har til å gi grunnskoleopplæring, spesialpedagogisk hjelp og videregående opplæring i sosiale og medisinske institusjoner som regionale helseforetak eier. (Opplæringslovens § 13-2 og § 13-3a)

Fram til 1991 kjøpte fylkeskommunen tjenester av Stavanger og Sandnes kommune.  Da fylkeskommunen selv overtok driften av Møllehagen skole i 1991, ga skolen kun opplæringstilbud til barn som var innlagt på dag /døgn- og familieposten ved barnepsykiatrisk avdeling (fire stillinger) og på barneavdelingen på Sentralsykehuset i Rogaland (den gang SiR). Det var da rektor, fem lærere og en halv førskolelærerstilling knyttet til skolen, og den holdt til i den gamle overlegeboligen i Armauer Hansens vei.

I 1992 ble det opprettet en skoleavdeling ved Barnevernets utredningssenter på Madla (den gang BUA) for ungdom som var akuttplassert der.

Høsten 1994 overtok Møllehagen opplæringsansvaret for pasientene som var innlagt ved ungdomspsykiatrisk avdeling på Dale. Sandnes kommune hadde frem til da utført opplæringen på vegne av fylkeskommunen.

Høsten 1995 etablerte Møllehagen en ny skoleavdeling på Lindøy, da barnevernsinstitusjonen ble gjenopprettet etter å ha vært nedlagt et par år. Skolen skiftet nå navn til Møllehagen skolesenter.

Da Dale ble nedlagt i 1996, flyttet ungdomspsykiatrisk avdeling til Stavanger. Disse ungdommene får i dag opplæring i lokaler i BUPA-bygget på Stavanger Universitetssjukehus.

Skolesenteret flyttet høsten 1997 til større lokaler i Hillevågsveien 8. Det ble etter hvert behov for en egen skoleavdeling for elever som bodde i ulike langtidsinstitusjoner, og det ble tatt i bruk skolelokaler i Hillevågsveien 18 a og 18b.

I 1998 ble det satt i gang et forsøk med voksenopplæring for pasienter i voksenpsykiatrien, og skoleåret 1999/2000 ble det opprettet et innledende grunnkurs ved skolesenteret. Dette ble forløper til den videregående avdelingen Møllehagen har i dag.

I 2002 flyttet skolesenteret til større lokaler i Torgveien 29, der grunnskoleavdelingene knyttet til barnepsykiatrisk avdeling, barnevern, den videregående avdelingen og administrasjonen holder til.

Våren 2008 flyttet tidligere Rygjabø studiesenter RKK-virksomheten til skolesenterets lokaler i Torgveien.  

I 2013 overtok Møllehagen studiesenter fagskoletilbudene til Gand opplæringssenter. Studiesenteret har vært en egen avdeling ved Møllehagen skolesenter frem til juni 2018.

Fagskole- og voksenopplæringstilbudet ved Møllehagen skolesenter omorganiseres fra og med 1. august 2018. Tilbudene som tidligere er gitt i regi av Rogaland kurs- og kompetansesenter (RKK) skal fra 1. august 2018 gis i regi av Rogaland fylkeskommune.

RKK- fagskolene blir overført til Fagskolen Rogaland og voksenopplæringstilbudene vil være organisatorisk underlagt SOTS som er voksenopplæringssenteret i region Rogaland Midt.

Undervisning på både fagskole og voksenopplæringstilbudet som tidligere er gitt i regi av RKK hadde vært gitt i Møllehagen skolesenter sine lokaler frem til juni 2019. Fra skoleår 2019-2020 disponerer studiesenteret egne lokaler og er ikke lokalisert på Møllehagen.